Этот старинный храм сохранился со времен генуэзского владычества. Споры о дате его постройки ведутся до сих пор. В 1861 г. под слоем штукатурки была найдена каменная плита с надписью: "1357 в день сентября, начата эта постройка во время управления скромного мужа Симоне-де-Орто, консула и кастеляна", но многие исследователи считают, что эта плита была использована вторично. Епископ Таврический Гермоген (Добронравин) в книге "Таврическая епархия", изданной в 1887 г., пишет: : «Еще в 1375 году в Балаклаве была построена церковь во имя Двенадцати апостолов. Настоящая же каменная церковь построена в 1794 году, но в Крымскую войну была повреждена неприятелем и потом возобновлена прихожанами и освящена 8 июля 1875 года во имя святого Николая Чудотворца». В церкви хранились знамена и другие реликвии Балаклавского греческого батальона.
После революции в храме располагались Дом пионеров, клуб Осоавиахима. После передачи храма в 1990 г. Церкви он был переосвящен в честь Двенадцати апостолов. Ныне храм является подворьем Инкерманского Свято-Климентовского монастыря. В нем хранятся частицы мощей св. преподобного Сергия Радонежского и святого блаженного Василия.